《慶余年》的故事背景設定在星球核爆后，到處都充滿著核輻射，地球已經不適合人類生存，于是幸存者們有的去了其他星球，有的在北極軍事博物館建立了不受核輻射影響的神廟。

過了不知多少年，地球上又出現了原始人類，這些人類已經適應了核輻射，于是，神廟派神使去教他們耕種等，從原始文明逐漸到了封建社會。

葉輕眉是現代的工科女博士，她穿越到神廟的一個小女孩身上，幾年之后，她厭倦了神廟生活，不想再面對冷冰冰的機器，恰逢肖恩和苦荷來神廟尋找長生的秘密。

在兩人的幫助下，葉輕眉成功逃了出來，還帶走了機器人五竹、一把重型狙擊步槍和一些武功秘籍，她將其中一本武功秘籍給了苦荷，使他成為一代宗師。

葉輕眉和五竹來到東夷城后，遇見了四顧劍，那時的四顧劍還沒有名字，他是城主的兒子，但因為是丫鬟所生，所以受盡欺凌，不僅住狗窩，還因為喜歡數螞蟻被認為是白癡。

在葉輕眉的幫助下，他修煉了四顧劍，成為大宗師，殺了城主一家，只有一個小弟逃了出來，這個小弟就是影子，后來他便一直跟在陳萍萍身邊，想要找機會報仇。

葉輕眉和五竹在東夷城生活了幾年后，便再次踏上征程，他們在慶國遇到了還是誠王世子的慶帝、慶帝奶媽的兒子范建以及陳萍萍，于是便在慶國的太平別院住了下來。

她悲憫天下、性格善良、外貌美麗，想要改變這個世界，于是殺了大皇子和二皇子，助慶帝登基，建立鑒查院，監控整個慶國，還造出玻璃等現代產物，成為一方首富。

但她覺得自己太過孤單，于是借慶帝的種子懷了范閑，想將范閑培養成一個擁有現代思想的古代人，這樣自己也能有個說話的伴兒，可惜范閑出生時她便被慶帝設計害死了。

當時慶帝、范建都喜歡葉輕眉，但范建礙于身份，只能將這份喜歡深埋心底，葉輕眉將陳萍萍當做普通人看待，給予他尊重，所以對陳萍萍來說，葉輕眉在他心中的地位比慶帝還要重要。

雖然慶帝也喜歡葉輕眉，但他更喜歡權利，葉輕眉的存在一直威脅著他的帝位，再加上太后、長公主，甚至神廟的人都想殺葉輕眉，于是慶帝便有了一個天衣無縫的計劃。

大戰爆發，慶帝御駕親征，陳萍萍和范建都因為戰爭離開葉輕眉身邊，五竹也被神廟的人調走，葉輕眉身邊沒人保護，在生產時被殺，然后五竹趕回來救走了范閑，這才有了《慶余年》的故事。